أنشئت الهيئة العامة للطيران المدني في عام 1996 بموجب القانون الإتحادي الصادر عن مجلس الوزراء (قانون رقم 4) وذلك من أجل تنظيم شؤون الطيران المدني وتقديم الخدمات المطلوبة مع مراعاة لوائح السلامة والأمن، و ذلك من أجل تقوية صناعة الطيران في دولة الإمارات العربية المتحدة وأجوائها. منذ عام 1996، والهيئة العامة للطيران المدني تحقق تقدماً ملحوظاً من خلال تبنيها للمبادرات الجديدة و ضمان تقديم الخدمات المطلوبة لعملائها ومساهميها في قطاع الطيران. كما أنجزت، منذ نشأتها، العديد من المشاريع الجديدة والابتكارية بنتائج متميزة، من بينها تحديث برامج مركز التحكم في حركة الطيران، ومعدات الرادار وتأسيس المرافق الجديدة لخدمة النمو المتعاظم في قطاع الطيران في دولة الإمارات العربية المتحدة.
